ماموریت چهار ماهه ناو Nathan James در جنوبگان به اتمام رسیده. ناخدا "تام چندلر" و سایر خدمه در صدد بازگشت به کشور هستند که کشتی آن‌ها هنگام سوار کردن "راشل اسکات" محقق میکروب شناسی که در قطب جنوب در حال انجام آزمایشاتی سری است مورد حمله نیروهای خارجی قرار گرفته و آسیب می‌بیند. اما این تنها آغار ماجراست چرا که به زودی سخنگوی کاخ سفید که حالا کفیل موقت ریاست جمهوری است با او تماس گرفته و خبر از مرگ رییس جمهور و گسترش ویروسی ناشناخته در سرتاسر جهان میدهد که باعث مرگ هشتاد درصد جمعیت کره زمین شده و دنیا را در هرج و مرج عظیمی فرو برده و ظاهرا "راشل اسکات" که نخستین بار ویروس را در قاهره رصد کرده و تا جنوبگان به دنبال آن آمده تنها امید برای یافتن واکسنی برای بیماریست. و این آغاز آخرین ماموریت ناو Nathan James است: زنده ماندن و تلاش برای نجات نسل انسان از خطر انقراض در دنیایی آخرالزمانی.

باری دیگر در نقش قدیمی اش بنام مامور Phil Coulson حضور خواهد داشت و وی افرادی را از سراسر جهان برای حضور در گروهی ویژه بنام S.H.I.E.L.D جمع اوری می کند . این گروه در مورد نیرو های ناشناس ، تاریک و فراطبیعی تحقیق می کند و همچنین از مردم عادی در برابر غیر عادی ها حفاظت می کند . گروه ماموران Phil Coulson شامل افرادی مانند مامور Grant Ward بطور ویژه اموزش دیده در زمینه های جاسوسی و رزمی ، مامور Melinda May خلبان متخصص و هنرمند رزمی ، مامور Leo Fitz یک مهندس به تمام معنا و در اخر مامور Jemma Simmons یک نابغه در زمینه های شیمی و زیست شناسی ، می باشند . در این گروه نابغه ها و بهترین ها یه همکار جدید نیز بنام Skye هم حضور دارد که وظیفه ی هکری و مدیریت کامپیوتر ها را برعهده دارد... * آپدیت: قسمت 10 از فصل ششم اضافه شد.