داستان قسمت دوم فیلم روز استقلال ، 20 سال پس از وقایع قسمت اول اتفاق می‌ افتد. انسان‌ ها پس از شکست دادن بیگانگان در قسمت اول ، از تکنولوژی‌ های آنها استفاده کردند تا به پیشرفت‌ های تکنولوژیکِ چشمگیری دست پیدا کنند و این مساله باعث خشم بیگانگان شده است و آنها برای باز پس گرفتن تکنولوژی‌ های خود دوباره به زمین حمله می کنند و...

دختری بنام «جس»، بعد از جدا شدن از دوست پسر سابقش، برای بازیافتن روحیه اش به مکانی تازه برای زندگی احتیاج دارد. از این رو به خانه ای می رود که سه مرد مجرد مستاجران آن هستند. گرچه این سه مرد ابتدا با رفتارهای غیر معمول جس روبرو می شوند، اما تصمیم میگیرند به او کمک کنند تا دوباره خودش را پیدا کند...